《邪不压正》讲了在1937年“七七事变”爆发之前，北平城的“至暗时刻”，一个身负大恨、自美归国的特工李天然，在国难之时涤荡重重阴谋上演的一出终极复仇记。
在十五年前，李天然目睹师兄朱潜龙勾结日寇杀害师父满门，就这样李天然与朱潜龙结下血仇。在十五年后，也就是1937年“七七事变”爆发之前，朱潜龙已经坐上了北平城警察局局长的宝座。而李天然，也在美国接受特工训练，学成一身本事回到了中国。
而成为警察局局长的朱潜龙心中有一个更大的野心，那就是反清复明，进京称帝，恢复帝位制度。因为他与明太祖朱元璋同姓，所以他打算借反清复明的由头，说自己是朱氏皇族后人来确认皇位的统治。
而朱潜龙注定是这个复杂时代的炮灰，他的野心更不会实现。而李天然的养父也没有好心思，没有表面上那么和善。他心里其实也是蔑视中国人的，他希望李天然忘记自己是个中国人，一心为美国效力。而他也死在了蓝青峰的手里，成为蓝青峰这盘“棋局“的牺牲品。
而蓝青峰，是一个有能力的人，他是当年发起辛亥革命的发起人之一。他刚开始布的局很大，可是当这盘棋局拉开帷幕之后，他却不知道该怎么办是好了，他迷茫了。他空有能力却不知道怎么做才对，也不知道该做些什么。当李天然出现，他知道李天然是破局之人，他为李天然做好了一切准备工作。
而李天然最后也冲破心魔，不再以逃避的方式来面对现实，他去找到根本一郎，先是把他打败，然后引诱朱潜龙去找根本一郎。果然，朱潜龙在给根本一郎打完电话之后，就去了根本一郎的家。在与朱潜龙的一番搏斗后，李天然成功报仇，杀死了朱潜龙与根本一郎。最后李天然救出了蓝青峰，并且与蓝青峰一起把张将军救了出来。
在接近尾声的时候，巧红告诉李天然，他其实是她的一个实验，她的仇人其实早已经出现在她的裁缝铺里了。但是当她见到仇人的时候她却愣住了，因为这么长时间过去了，他的仇人变成了一个慈眉善目的老人，满头雪白的华发，手里还牵了一个小女孩。她不知道自己该不该报仇，当她看到李天然报了仇杀死了根本一郎和朱潜龙后，她便下定了决心，不再犹豫，立即动身去报仇。