1、形态不同。毒芹菜高可达70～100厘米，茎单生、中空、具分枝，叶片二至三回羽状全裂、边缘具尖锯齿状，基生叶具抱茎的膜质叶鞘，复伞形花序、顶生，半球形，花瓣白色，双悬果近球形，全棵有恶臭。水芹菜高15～80厘米，茎直立或基部匍匐，基生叶有柄，叶片轮廓三角形，上部叶无柄，复伞形花序顶生，无总苞，萼齿线状披针形，花瓣白色，花柱基圆锥形，果实近于四角状椭圆形或筒状长圆形，花期6～7月，果期8～9月。水芹菜和野芹菜最明显的区分标志是杆上有没有茸毛，野芹菜的茎上是毛茸茸的，而水芹菜没有。其次，野芹菜的叶子宽、短一些更像家芹，而水芹菜的叶齿细长茎也细长。
2、分布地区不同。毒芹又名野芹菜、白头翁、毒人参、芹叶钩吻、斑毒芹。生于海拔400～2900米的杂木林下、湿地或水沟边，分布于苏联的远东地区、蒙古、朝鲜、日本，产黑龙江、吉林、辽宁、内蒙古、河北、陕西、甘肃、四川、新疆等省区，江苏兴化历史上有栽培。水芹菜原产亚洲东部，分布于中国长江流域、日本北海道、印度南部、缅甸、越南、马来亚、爪畦及菲律宾等地，我国中部和南部栽培较多，以江西、浙江、广东、云南和贵州栽培面积较大。
3、毒性不同。野芹菜乃剧毒植物之一，人食之数分钟即中毒，口唇常发泡乃至血泡)，主要毒性在中枢神经系统方面，有非常显着的致痉挛作用，中毒后有头晕、呕吐、痉挛、皮肤发红、面色发青，最后出现麻痹现象，死于呼吸衰竭。人中毒量为30～60毫克，致死量为120～150毫克。如果误食了野芹菜的花，会导致出现恶心、呕吐、手脚发冷、四肢麻痹等等，如果严重的话，会导致死亡。这是因为野芹菜的毒性可以造成运动神经的麻痹，并且抑制延髓中枢的兴奋。水芹菜没有毒，富含各种维生素和矿物质，每100克可食部分含蛋白质1.8克、脂肪0.24克、碳水化合物1.6克、粗纤维1.0克、钙160毫克、磷61毫克、铁8.5毫克，还含有芸香苷、水芹素和檞皮素等，其嫩茎及叶柄质鲜嫩，清香爽口，可生拌或炒食。