1、颜色区别。首先最明显的区别就是果实外观上的区别了，我们生活中常见的番茄大家都知道，全体都是红色。而黑番茄顾名思义，其果皮及果肉的颜色都非常深，呈现出黑红的颜色。导致很多人都认为黑番茄是由于转基因所导致，其实黑番茄的颜色是由于其品种的遗传特性决定的。
2、抗寒能力。只要是种植过普通红番茄的朋友都知道，红番茄的抗寒能力是非常弱的，温度较低的时候会导致红番茄出现冻害现象，严重影响红番茄的生长。不过黑番茄却有着较强的抗寒能力，能够在低温环境中正常生长。并且黑番茄的原产地年平均温度较低，所以黑番茄更加适宜种植在低寒地区。
3、果皮厚度。红番茄的果皮是比较厚的，在生吃的时候能够明显感觉到果皮的存在，并且果皮对生吃的口感会造成一定影响。而黑番茄的果皮非常薄，果肉相对于红番茄来说也更加柔软，口感更为适口。比较适合生病、缺牙且老年人食用。
4、营养价值。黑番茄营养价值是比较高的，含有维C、抗氧化剂等各种对人体健康有利的营养物质，有着滋阴壮阳的功效。并且还含有大量的花青素，能够刺激人体产生生物学效益，可有效的恢复人体性功能，降低前列腺炎及心脏病等疾病的发病率。红番茄的营养物质以胡萝卜素为主，含有各种维生素及微量元素，能够充分满足人体对维生素及矿物质的需求。有着健胃消食、补肾利尿等功效，可治疗食欲下降、暑热内盛等问题。
5、栽培技术。黑番茄目前在我国的种植面积并不大，在种植的时候为了提高黑番茄的糖度积累，一般都是使用平棚室种植的方法。这种种植方法也是我国种植水果功能性果品等主要方法，种植出来的黑番茄香味更加浓厚，味道更甜。而红番茄栽培方式比较简单，一般采用露地栽培的方法就能够保证红番茄正常生长，然后还会采取大棚种植的方法进行反季节栽培。
6、市场价格。黑番茄作为一种新型水果蔬菜在我国的市场价格是非常高的，并且又由于种植面积少，产量低，其价格已经达到了40-50元一斤左右，目前暂时是我国一种高端水果。然而红番茄的市场价格相对来说就低了将近10倍，虽然在不同的地区会有不同的单价，但是基本上都会保持在3-6元/斤的范围内。