1、选择容器。盆栽果树的容器以圆形为主，有利于根系向四周均匀舒展。容器需渗水、透气性良好，以保证根系生长对氧气的需求，还能防止容器积水造成烂根。在各种质地的容器中，素烧陶盆最适宜栽种果树。若采用其他质地容器时，为了克服透气性差的缺点，可在盆底铺垫5厘米厚的粗沙，并沿内壁垫一层碎瓦片，然后再填土栽树。
2、水肥管理。适宜果树生长的盆土pH值一般在4.5~7.5，并且最好是富含腐殖质的沙壤土。配置盆土一般取熟化的田园土4份、河沙2份、草木灰1份，充分混合均匀后，碾细过筛。盆土在使用前应进行消毒处理，蒸煮消毒、烘烤消毒或药物消毒均可。由于果树的根系只能从盆中吸收营养，仅靠盆土中的营养远远不能满足果树生长发育的需要，所以在果树生长期必须注重水肥管理。施肥应以有机肥为主，合理配施化肥。
3、及时倒盆。由于盆土中的养分会被果树吸收或在频繁的浇水中淋洗掉，故每隔2年～3年需及时倒盆一次，更换新营养土。旧土团倒扣出盆后，要削去土团表面2~3厘米厚的老根。上盆时，先将有机肥与营养土拌匀填充底部，再带土团上盆，周围再加入混有肥料的盆土填充。倒盆后要浇一次透水。
4、控冠整形。按果树种类和品种的直立性、下垂性等，可将果树盆景塑造出多种造型。如自然圆头形、塔形、独枝悬崖形，双枝鹿角形、三枝杯状形、垂柳形、龙曲形等。在树形塑造上，既要有利于结果，又要有美学效果，以提高其观赏价值。通常采用的促花致矮、整形修剪的措施有抹芽、摘心、拿枝、曲枝、环割、回缩、拉枝等。可以通过开张枝条角度和疏剪徒长枝、密生枝和无效枝等方法增强光照，将果树盆景整理出理想的树形。另外，还可以使用药物使树体矮化。夏季是盆栽果树的旺盛生长期，在叶面喷施植物生长延缓剂2~3次，可使枝条粗壮、节间变短、植株矮化。
5、花果管理。果树盆景的花芽量过大时，应在孕蕾期疏花，或是在生理落果期过后进行疏果。如果花芽量少，可适当多留些花蕾，并且还要进行人工授粉，以提高挂果量。
6、防寒越冬。在冬季不致发生冻害的地区，一般不在室内越冬，让其在室外自然越冬休眠即可。为保证果树盆景安全越冬，可在土壤封冻前浇一次透水，然后用草袋将整个容器包裹住防寒，也可挖沟将盆埋入土中防寒。冬季风大的地区，还应注意防风，可在苗圃越冬区迎风面搭建风障。