在自家农田里建养殖基地合法吗

根据《基本农田保护条例》第十七条关于“禁止任何单位和个人在基本农田保护区内建窑、建房、建坟、挖砂、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物或者进行其他破坏基本农田的活动”、“禁止任何单位和个人占用基本农田发展林果业和挖塘养鱼”等规定可知，基本农田只能用于粮、棉、油、蔬菜等种植业生产，而不能用于养殖业。

如果走正常程序如下：

1、与当地农村集体经济组织签订土地租用协议或意向协议；

2、视养殖场项目大小需向当地发改部门申请立项，出具可行性研究报告；

3、在当地农业（畜牧）部门办理相关生产手续；

4、在当地环境部门办理环评手续，如污水处理设施建设等；

5、办理相关立项手续后到当地国土部门办理设施农用地使用手续，签订或缴纳土地复垦费用。