游戏王一共有五部，第1部是《游戏王DM》，第2部《游戏王GX》，第3部是《游戏王5D》，第4部是《游戏王zexal》，第5部是《游戏王ARCV》。
第一部主要讲述了游戏王卡片的来历，在很多年前的古埃及中，有一种游戏可以预知到未来，而且这种游戏还能启动很多的魔法阵型。在里面有一种叫做黑暗游戏的挑战模式，也就是千年积木的形象，这个倒金字塔也是法老王的离婚所在处，随后有一名少年完成了这个游戏所有的环节，并将这些卡牌游戏称为游戏王。
第二部的GM主角换成了游城十代。他是一个来参加学院决斗测试的学生，然而在路上碰到了武藤游戏，武藤游戏很看好十代的天赋，给了他一个特殊的卡片“羽翼栗子球”。随后的故事中十代在学院大展风采，用自己的英雄牌组战胜了很多人。在七星篇章中，十代打败了三幻魔的卡牌。在破灭之光中，十代遇到了极其特殊的卡牌，命运英雄血魔，但是十代没有放弃，抓住了利用魔法卡和陷阱卡的机会战胜了他。在异次元中，十代和朋友们被困在了心魔世界，但是十代利用自己的意志力打败了霸王十代。在最终的darkness中，因为上次的事件导致黑魔王诞生，十代和朋友们尽全力才将敌人消灭。
第三部《游戏王5D》讲述了主角不动游星的经历。在第一部结束的十年后，这个城市的管理制度逐渐完善，但是地位阶级也更加明显，可以说就是弱肉强食，主角不动游星就是利用骑乘决斗来和敌人作战。
第四部《游戏王zexal》分为两季，主角的名字叫做九十九游马。在第一季中，游马所在的城市成为了AR对决，也就是说现在的游戏王更加完善，能够进行实体化，游马在经历中遇到了很奇怪的星光体。第二季就是讲述了游马拯救星光体，和两个强敌快斗、凌牙决斗的故事。
第五部《游戏王ARCVA》有一些往娱乐方向发展了。这一部并没有邪恶的敌人，主角榊游矢在这个城市中需要参加动作决斗，城市中分布着很多不同的组织机构。