清华大学工程物理系是根据国务院的指示，为培养理工结合的新型人才，开创和发展我国的原子能科学技术而于1955年筹办，1956年正式建立的。理工结合是我系办学的特色，我系培养的学生不仅物理、数学、外语等基础强，而且工程素质良好。近十年来加强了电子和计算机技术技能的培养，并拓宽了专业面，使毕业生面对迅速发展的科学技术和不断变化的人才需求，有很强的适应和竞争能力。五十年来，为国家培养了本科生、硕士生、博士生共近七千人。
清华大学工程物理系成立于1956年，是我国培养高素质核科技人才的主要基地。在学科建设方面，工物系核科学与技术一级学科在2003、2008年两轮学科整体水平评估中均位居全国第一，并在2007年被评为首批国家一级学科重点学科，同时也是全国唯一一所该一级学科下4个二级学科齐全的高校。在师资方面，工物系拥有一支在核科学与技术、安全科学与技术以及物理学研究领域卓有成就、责任感强的高素质教师队伍。现有教授30人，其中院士2人，教育部长江学者特聘教授2人，国家杰出青年基金获得者3人，清华大学百人引进教授5人；副教授52人；另聘请长江学者讲座教授3人，聘请校双聘教授及兼职教授共22人，其中：校双聘教授11人，院士7人，校兼职教授11人，院士6人。从1956年建系至今，系友中有27位两院院士、18位将军以及16位省部级国家干部。
目前，工物系学科特点是多学科交叉，主要的研究方向有：核技术及应用、核能科学与工程、核燃料循环与材料、辐射防护与坏境保护、仪器科学与技术、医学物理与工程、粒子物理与原子核物理、安全科学与技术等。2004年以来，工物系科研经费每年均超过一个亿，科研成果斐然，曾获三大国家级科学技术奖一等奖三项：“加速器辐射源移动式集装箱检查系统系列的研制及产业化”项目获2003年国家科技进步一等奖；“大型装备缺陷辐射检测技术”项目获得2010年度国家技术发明奖一等奖；“应急平台体系关键技术与装备研究”项目获2010年度国家科学技术进步奖一等奖。
秉承工程与物理完美结合的理念，工物系在粒子物理与核物理实验基础研究上取得了很大的成绩，除了参加多项大型国际合作物理实验以外，还在四川锦屏建设了世界上最深的中国锦屏极深地下实验室，开展暗物质寻找的前沿物理研究。