1、产地、科属不同。木瓜属于蔷薇科木瓜，属植物木瓜：本属植物有木瓜（木瓜海棠）、贴梗海棠（皱皮木瓜）等，几种是原产中国的温带木本植物，其果实可供食用、药用，同时花色美丽，也供观赏；它们还是传统文化、诗歌中所提到的木瓜，如《诗经》中的名句投我以木瓜，报之以琼琚”。与蔷薇科木瓜有比较大的区别的，是常见的热带水果木瓜，本名番木瓜，是十字花目番木瓜科水果。番木瓜是世界3大草本果树之一，是人们喜爱吃的肉质清香且四季上市的热带鲜果。别名又叫：蓬生瓜、万寿果、铁脚梨、海棠梨。原产美洲的墨西哥南部，17世纪初中国引入栽培。木瓜果皮光滑美观，果肉厚实、香气浓郁、甜美可口、营养丰富，有百益之果”、水果之皇”、万寿瓜”之雅称。
2、营养不同。青番木瓜和一般的水果木瓜的区别：目前番木瓜只在广西盛产。番木瓜相对于一般木瓜而言，药用价值较高。富含木瓜酶，适合加工成各种化妆品、护肤品、食品、原料。一般的水果木瓜，作为水果食用，木瓜酶含量较低。青木瓜和黄木瓜的区别：青木瓜指未成熟的木瓜，一般泛指未成熟的番木瓜，而非水果木瓜，这是的木瓜的木瓜酶含量较高，比较具有药用价值。黄木瓜即已成熟的木瓜。青木瓜内含丰富的木瓜酵素、木瓜蛋白酶、凝乳蛋白酶、胡萝卜素等；并富含十七种以上氨基酸及多种营养元素；是一种营养丰富、有百益而无一害的果之珍品”。
3、用途不同。木瓜海棠花色烂漫，树形好、病虫害少，是庭园绿化的良好树种，丛植于庭园墙隅，林缘等处，春可赏花，秋可观果。种仁含油率35.99%，出油率30%，无异味，可食并可制肥皂。果实经蒸煮后作成蜜饯；又可供药用，但木瓜的药效甚微，由于药用效果差，国家药检局于2003年下文，禁止药用。花可为糖制酱的作料，风味很美。树皮含鞣质，可提制栲胶。木材质坚硬，可以制作家具。番木瓜生食或熟食，或切片，晒干备用。叶全年可采，鲜用或晾干备用。此外，番木瓜果实可加工制成木瓜糖、果酱、果脯及罐头。青果的乳汁富含番木瓜酶，有消化蛋白质的功能，在工业上用途极广。木瓜从移栽到结果只需6个月左右，它单杆直立，常年不断开花结果单果重1～3斤，每株一年可产果70斤左右，最高单株产果130斤，木瓜果肉厚实、香气浓郁、甜美可口、营养丰富，它特有的木瓜酵素能清心润肺还可以帮助消化、治胃病，它独有木瓜碱具有抗肿瘤功效，对淋巴性白血病细胞具有强烈抗癌活性，木瓜耐贮运，采收后自然存放1～2月，产果早，并且第一年获高产亩产达2000斤以上，亩栽250株。
4、药用价值不同。木瓜富有营养，低卡路里，以致对进行减肥的人大有益处；木瓜有助于治皮外伤或其它外伤；木瓜富有抗炎化合物，也有抗癌作用，对于患骨质疏松症、关节炎和浮肿的人，最好有规律地食用木瓜，同时能够防癌；木瓜也能帮助头皮和头发的健康，木瓜的摄入量有助于头发的生长并能防止头皮屑（头垢）；木瓜是最有功效排毒方法之一，多吃木瓜酒能排出体内的毒素；对于患便秘和消化不良的病人，多吃木瓜能减轻病状。番木瓜果皮光滑美观，果肉厚实细致、香气浓郁、汁水丰多、甜美可口、营养丰富，有百益之果”、水果之皇”、万寿瓜”之雅称，是岭南四大名果之一。木瓜富含17种以上氨基酸及钙、铁等，还含有木瓜蛋白酶、番木瓜碱等。半个中等大小的木瓜足供成人整天所需的维生素C。木瓜在中国素有万寿果”之称，顾名思义，多吃可延年益寿。