《银魂》将军暗杀篇是从第300集到307集。1.第300集：澄夜公主用来沏茶的茶碗内被涂了剧毒，险些酿成毒杀将军的惨剧。敌人已经深入幕府腹地，曾经负责将军家警备的小猿重新担任起保护将军的职责。真选组要和御庭番众执行机密任务，护送将军离开江户，得知此事的万事屋三人也决定加入行动。而另一边，鬼兵队则策划着下一次袭击
2.第301集：护卫假冒将军的任务还在继续，假冒将军的万事屋三人组一副大爷做派，拿着鸡毛当令箭。尽管气氛看起来很轻松，但其实众人心里都很沉重，尤其是负责带领御庭番众的小猿。全藏竟然成了暗杀将军的凶犯，高杉带领鬼兵队袭击另一队护卫将军的队伍，总悟与神威狭路相逢。
3.第302集：将军出现在将军暗杀部队里，原来将军一早就被某人秘密转移，而这个人正是全藏。百地联合全藏，故意制造出将军已死的假象。为了确保将军的安全，大家跟着百地来到忍者村，百地提议由她保护将军。此时鬼兵队的飞船侵入忍者村上空，高杉意图毁灭忍者村，全藏引爆飞船上的烟雾弹，忍者之战全面爆发。
4.第303集：全藏被鬼兵队的喽啰包围，命悬一线之时小猿出手相救，并带领御庭番众突袭鬼船。万事屋三人带着将军逃走，看着大家因自己而陷入苦难，将军自责不已，而此时他们也被突然出现的敌人围攻。小猿带着重伤的全藏逃脱，此刻的全藏早已精疲力竭。新八和将军滚落山崖，土方和近藤及时相救。
5.第304集：守护国家最后的王牌，银时VS高杉，神乐VS神威。高杉声称要夺走银时的一切，两人展开厮杀。神乐神威兄妹对峙，看似被动挨打的神乐用计重伤神威的右手，局势逆转。伴随着兄弟情的回忆杀，银时和高杉强强对决。几个回合之后，伤痕累累的两人重伤倒下。
6.第305集：银时和高杉一边回忆着和松阳老师的过往，一边相互厮杀着，幼时的场景再次浮现。多年前的夜晚，松下私塾面临危机，桂、高杉、银时三人决心要保护这里，此时松阳老师出现，三人与松阳老师间的羁绊更加深厚。战斗还在继续。
7.第306集：高杉与银时挥拳相向，两人真情流露之际，突然某处的权杖从背后刺穿了高杉，局势更加混乱。 暗中操纵幕府的神秘组织天导众”突然出现，并称得到了执掌国家的新人选，一桥派的一桥喜喜。无论是承载着高杉野心的一桥喜喜，还是承载着银时希望的德川茂茂，都已经不在
8.第307集：将军之战结束，茂茂放弃将军之位，大家也回到了日常生活中。两周过去了，重伤的高杉依旧昏迷不醒，鬼兵队也元气大伤。喜喜成为新任将军，茂茂和澄夜则前往京都寻觅东山再起之时。银时还在医院休养，尽管前路黑暗，但他依旧追寻着光芒。