电影《宫锁沉香》剧情讲述了宫女沉香与清康熙第十三子爱新觉罗·胤祥之间的一段一见钟情，却又历经种种误会与磨难，终获幸福的故事。
康熙年间，十三岁的兆佳沉香被选入宫中。一句忍着”，便开启了沉香的宫中生涯。沉香在宫中学到的第一堂课是本分”，有个宫女在雪中起舞等皇帝经过，第二日便成了一个冰棍。
沉香以为她能安安稳稳熬到25岁便出宫，可宫中的瞬息万变哪会让人如意。人和人见三次面，缘分就注定了。沉香的缘是宫中的十三阿哥。第一次见面，沉香在冷宫中见到尚幼的十三阿哥。第二次见面，沉香在追一副画的时候，偶遇十三阿哥和四阿哥。第三次见面就复杂了，宫女琉璃让沉香带着面纱帮忙顶替值夜，沉香第三次见到了十三阿哥，这次见面后，十三阿哥开始在宫中找那晚值夜的宫女。
另一边，琉璃用计结识了九阿哥，果然九阿哥着了她的道，临幸琉璃。琉璃以为这下就能平步青云，可在九阿哥眼里，琉璃只是一个玩偶。琉璃转而投奔另一个机会，谎称自己是那晚值夜的宫女，是十三阿哥找的人。所有人都信以为真，只有沉香和琉璃知道真相。顶替了名额后的琉璃又演了一场哭戏，不仅让沉香原谅她，沉香还答应做琉璃的贴身宫女。琉璃这个准王妃开始备婚。准王妃的身份并不能满足琉璃，琉璃暗地里和九阿哥苟且，被沉香发觉。琉璃将沉香赐给太监做对食，以示惩戒。
这时太子之位的争夺开始白热化，琉璃站队自己的老情人九阿哥，谋害十三阿哥失明进了宗人府。为了能去宗人府照顾十三阿哥，沉香走过通红木炭，试验用药扎针。沉香隐瞒自己的身份偷偷照顾十三阿哥，陪着他走过最黑暗的路，朝堂之事与二人无甚瓜葛。可外面已经打的火热，四阿哥夺得了皇位，即为雍正，雍正帝即位后，救出十三阿哥。琉璃也惨死箭下。本以为沉香和十三阿哥的结合再无任何阻挡，可雍正帝从中作梗，不希望自己的弟弟娶一个宫女，将沉香遣送出宫。入夜，沉香一人悄悄来到空无一人的宗人府，预备告别曾经，黑暗中，一个人影。