1、主体和客体不同。股权收购的主体是收购公司和目标公司的股东，客体是目标公司的股权。而资产收购的主体是收购公司和目标公司，客体是目标公司的资产。
2、负债风险差异。股权收购后，收购公司成为目标公司控股股东收购公司仅在出资范围内承担责任，目标公司的原有债务仍然由目标公司承担，但因为目标公司的原有债务对今后股东的收益有着巨大的影响；而在资产收购中，资产的债权债务状况一般比较清晰，除了一些法定责任，如环境保护、职工安置外，基本不存在或有负债的问题。因此，收购公司只要关注资产本身的债权债务情况就基本可以控制收购风险。
3、税收差异。在股权收购中，纳税义务人是收购公司和目标公司股东，而与目标公司无关。除了合同印花税，根据《关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》的规定，目标公司股东可能因股权转让所得缴纳所得税；资产收购中，纳税义务人是收购公司和目标公司本身。根据目标资产的不同，纳税义务人需要缴纳不同的税种，主要有增值税、营业税、所得税、契税和印花税等。
4、政府审批差异。股权收购因目标企业性质的不同，政府监管的宽严程度区别很大。对于不涉及国有股权、上市公司股权收购的，审批部门只有负责外经贸的部门及其地方授权部门，审批要点主要是外商投资是否符合我国利用外资的政策、是否可以享受或继续享受外商投资企业有关优惠待遇；对于资产收购，因目标企业性质的不同政府监管的宽严程度也有一定的区别。对于目标企业是外商投资企业的，我国尚无明确法律法规规定外商投资企业资产转让需要审批机关的审批，但是因为外商投资企业设立时，项目建议书和可行性研究报告需要经过审批，而项目建议书和可行性研究报告中对经营规模和范围都有明确的说明。
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